短程蒸餾器還適合于進行分子蒸餾。分子流從加熱面直接到冷凝器表面。分子蒸餾過程可發如下四步：
1、分子從液相主體向蒸發表面擴散通常，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動。
2、分子在液層表面上的自由蒸發蒸發速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時卻隨著溫度的升高而下降，所以，應以被加工物質的熱穩定性為前經濟合理的蒸餾溫度。
3、分子從蒸發表面向冷凝面飛射蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，可能彼此相互碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發生碰撞。由于遠重于空氣分子，且大都具有相同的運動方向，所以它們自身碰撞對飛射方向和蒸發速度影響不大。而殘氣分子在兩面間的熱運動狀態，故殘氣分子數目的多少是影響飛射方向和蒸發速度的主要因素。
4、分子在冷凝面上冷凝只要讓冷熱兩面間有溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以完成，所以選擇器的形式相當重要。
